نحوه ی شهادت زین الدین بن علی بن احمد عاملی دین گونه بوده است که :

دو نفر از مردم جبع برای مرافعه و محاكمه به شهید ثانی مراجعه كردند او نیز طبق موازین دینی و

ضوابط شرعی، دعوی را فیصله داد طبیعی است در مرافعات، هر دو طرف منتفع نیستند، نتیجه به

نفع یكی از طرفین و به ضرر دیگری فیصله یافت. شخص محكوم از این داوری به خشم آمد و نزد

قاضی صیدا رفت و از او سعایت كرد كه شهید ثانی رافضی و شیعه است قاضی جریان را به

سلطان سلیم اطلاع داد. از طرف او برای دستگیر كردن شهید، شخصی مامور شد در پیگیری این

ماموریت او وارد جبع شد، از مردم شهر سراغ شهید را می گرفت، به او گفتند كه در شهر نیست.

شهید ثانی اصولا به علت محیط ناسالم و جو آلوده مردم زمان، غالبا عزلت اختیار می كرد و فقط

برای اقامه نماز صبح به مسجد می رفت و اكثر اوقات با حالتی آمیخته به بیم و هراس بسر می برد

و خویشتن را ازمنافقان پنهان می كرد و غالبا به تنهایی سرگرم تحقیق و مطالعه و تالیف بود.

همزمان با ورود مامور كذایی، استاد در انگورستان خود سرگرم تالیف كتاب بوده است این مامور

موفق به دستگیری او نشد، چون به خاطر شهید گذشت كه به سفرحج برود مقدمات سفرمکه را

آماده ساخت و در محملی كه با روپوش بود نشست تا كسی او را نبیند و نشناسد.

قاضی صیدا به سلطان روم (عثمانی) نامه ای نوشت كه در بلاد شام (سوریه) مردی عالم زندگی

می كند كه بدعت گزار و بیرون از مذاهب چهارگانه اهل سنت و دست اندر كار نشر و تبلیغ عقائد

خود می باشد سلطان سلیم شخصی به نام رستم پاشا را كه وزیر او بود، برای دستگیری شهید

مامور ساخت و گفت باید او را زنده دستگیر كنی تا با دانشمندان استانبول (قسطنطنیه) مباحثه

كند و از عقائد او تفتیش شود تا سرانجام از مذهب و آئین او مطلع گردند رستم پاشا به جبع آمد و

از شـهید پرس و جو كرد به او گفتند كه به سفر حج رفته است این مامور در اثنا راه مكه به شهید

ثانی رسید و او را دستگیر كرد.

شهید ثانی به او گفت: به من مهلت ده تا سفر حج را به انجام رسانم و من فرار نمی كنم و منا

سک حج را زیر نظر و مراقبت تو انجام می دهم پس از انجام مناسك به هر صورتی كه دلخواه

توست با من عمل كن.

رستم پاشا راضی شد كه شهید ثانی مراسم حج را برگزار كند و پس از پایان مراسم حج، شهید

را به روم (عثمانی) برد آن گاه كه او را وارد كشور عثمانی نمود، در راه به شخصی برخوردند آن

شخص از مامور سؤال كرد كه این مرد كیست؟

گفت: از دانشمندان شیعه امامیه است كه بر حسب ماموریت او را نزد سلطان می برم. آن شخص

گفت: تو درباره این مرد در اثنا راه كوتاهی كرده و او را آزار رسانده ای، ممكن است در حضور

سلطان از تو شكایت كند و دوستان و یاران او نیز به حمایت و دفاع از وی برخیزند و برای تو موجبات

ناراحتی و احیاناً قتل فراهم كنند صلاح در این است كه در همین جا سرش را از بدن جدا كنی و

سر بریده او را نزد سلطان ببری این مرد فرومایه و پست فطرت در كنار دریا استاد بزرگوار را شهید

كرد آن گاه سر بریده او را حضور سلطان آورد سلطان بر او برآشفت و سخت او را مورد توبیخ قرار

داد و به وی گفت: من تو را مامور ساخته بودم كه او را زنده بیاوری، بنابراین به چه مجوزی او را

كشتی؟

سید عبدالرحیم عباسی كه با شهید ثانی سابقه دوستی و آشنایی داشت، با دیدن سر بریده

شهید ثانی سخت متاثر گردید و سعی كرد تا سلطان را وادارد كه این مرد پلید را به قصاص خود

برساند بالاخره مساعی او مؤثر واقع شد و رستم پاشا به جرم این جرم بزرگ، محكوم به مرگ

گردید.

مدت سه روز جسد او بر روی زمین ماند و كسی او را دفن نكرد سرانجام جسد شریف او را به دریا

افكندند خدای متعال غریق رحمتش فرماید و با امامان معصوم علیهم السلام محشور فرماید كه در

تحقق آرمانشان، خویشتن را قربانی ساخت و طعمه ماهیان دریا گردید

(معجم الرجال الحدیث، ج7)

شهید ثانی در شانزدهم رمضان سال 965 هجری قمری به شهادت رسید شهادت این عالم بزرگ

را به دوستداران علم ودانش تسلیت عرض می کنم روحش شاد

برای تعجیل در فرج صلوات